南昌工程学院鄱阳湖研究院是为策应鄱阳湖生态经济区上升为国家战略于2010年5月成立的一个校级综合性研究机构，旨在充分发挥学校水利、生态特色和学科综合优势，整合全校鄱阳湖研究力量，吸纳省内外有关专家学者参与，针对鄱阳湖及其流域的地理环境特点，围绕鄱阳湖的环境整治与资源开发问题以及鄱阳湖生态经济区建设中有关热点与难点问题，开展多学科、多领域、多部门的综合研究，把研究院建设成为具有鲜明特色、省内有一定优势、国内外有一定影响的开放式的鄱阳湖综合研究基地，为鄱阳湖生态经济区建设和地方经济、社会与生态环境的协调发展提供基础性科技支撑和应用性服务。

    研究院设有鄱阳湖学研究室、水文水资源研究室、水环境研究室、水利生态经济研究室、水文化研究室等五个研究室，现有专、兼职研究人员十二人。