南昌工程学院生态与环境科学研究所于2004年成立，主要目标是致力于开展地区生态与环境问题的研究，围绕全球变化、生物多样性、退化生态系统的恢复、森林可持续经营及植物生理生态等一些前沿性领域开展跨学科综合研究。研究所目前拥有8名专职研究人员，其中3人具有博士学位，3人正在攻读博士学位，另2人具有硕士学位。

    研究所以江西省水文水资源与水环境重点实验室、江西省高等学校土壤与植物生态重点实验室和江西省“十一五”、“十二五”重点学科“水土保持与荒漠化防治”为依托，为本所发展提供了厚实的研究条件和学科基础。广泛开展合作研究，野外合作研究基地包括：水利部南昌水土保持生态科技园、水利部吉安市井冈山水土保持科技示范园、福建省官庄国有林场、福建农林大学莘口教学林场、中国科学院千烟洲生态站。

    近5年，研究所共主持完成国家自然科学基金项目2项、省部级项目3项、其他项目6项，参与完成国家自然科学基金项目2项、省部级项目5项；目前主持国家自然科学基金项目3项（31060109、31160179、31160153）和水利部公益性行业科研专项经费项目（201001056）1项，主持省部级项目9项，其他项目3项；在国内外学术刊物上发表学术论文 60多篇，其中9篇发表在国际刊物上，28篇发表在中科院或国家一级学会主办的刊物上；论文被国际刊物引用91次，其中被Nature引用3次；获省部级科学技术一等奖1项、三等奖2项，指导学生获得“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛二等奖1项、三等奖3项。近5年主持的纵向课题科研总经费为 500多万元。